Начальный этап
На первых этапах работы в научном отделе заповедника трудится 2-3 человека. Их усилий недостаточно, и для инвентаризации флоры высших сосудистых растений и лишайников заповедник приглашает научных сотрудников Полярно-альпийского ботанического сада-института КНЦ РАН г. Кировска Мурманской области.
Ботаник В. А. Костина при участии научного сотрудника заповедника М. С. Сметанниковой и в составе международных российско-норвежско-финляндских экспедиций на базе заповедника проводит полевое обследование, собирает гербарий, готовит первый аннотированный список растений к публикации (Костина, 1995, 1998, 2003).
Специальные флористические исследования водных растений и пополнение гербария позже выполнялись аспиранткой Петрозаводского государственного университета Н. Р. Каневой, научным сотрудником ПАБСИ (Канева, Аспхольм, 2006).
Отметим ботаников И. В. Блинову и Т. В. Филимонову, внесших свой вклад в развитие ботанических исследований в заповеднике в его начальный период (Летопись природы, 1997-2011).
Лихенолог Т. А. Дудорева из ПАБСИ обследовала флору лишайников на правом берегу реки Паз. В «Летописи природы» появился первый список лишайников заповедника и окрестностей и оформленная коллекция видов (Летопись..., 2003). К началу XXI века в заповеднике появился первый, пока еще неполный список мхов, определенных сотрудниками ПАБСИ А.Ю. Лихачевым и О. А. Белкиной (Летопись..., 2011).
Современные исследования
С 2007 г. ежегодно в заповедник приезжает экспедиция специалистов Института леса и Института биологии Карельского научного центра РАН. С 2012 г. специалисты Института проблем промышленной экологии Севера присоединяются к обследованию флоры и вносят свой большой вклад в изучение заповедника.
Ботаник А. В. Кравченко проводит детальное обследование заповедника, уточняет список сосудистых растений на территории и в окрестностях, делает гербарные сборы и готовит новый, расширенный аннотированный список, публикует новые данные о находках видов (Кравченко, 2009, 2011; Кравченко, Сенников, 2009; Кравченко, Кузнецов, 2012; Кравченко, 2020).
Одновременно проводится инвентаризация флоры лишайников, обследуются ранее не посещаемые лихенологами участки, как в пределах заповедника, так и в окрестностях в долине реки Паз, группой специалистов готовится аннотированный список, который публикуется (Фадеева и др., 2011, 2013; Урбанавичюс, Фадеева, 2013; Урбанавичюс, Фадеева, 2018), сведения подтверждаются сборами в коллекцию.
Начаты работы по обследованию флоры мохообразных: печеночников и листостебельных мхов (Бойчук, Кузнецов, 2012; Бойчук и др., 2012; Бойчук, 2013; Боровичев, 2013; Боровичев, Бойчук, 2018).
Специалистами-микологами Института леса КарНЦ РАН О. О. Предтеченской, А. В. Руоколайнен, В. И. Крутовым и Ю. Р. Химич (ИППЭС КНЦ РАН) проводятся исследования флоры афиллофороидных грибов и базидиомицетов заповедника, подготовлены коллекции (Химич, 2010; Предтеченская, 2011; Руоколайнен и др., 2011; Крутов и др., 2012). К изучению флоры базидиальных грибов подключается научный сотрудник Лапландского заповедника Н. Г. Берлина. В сотрудничестве между микологами разных учреждений готовится сводный список грибов заповедника «Пасвик» (2016).
С 2018 г. группой специалистов Института леса Карельского научного центра РАН под руководством д.б.н. А. М. Крышеня заложена серия комплексных мониторинговых площадей для изучения состояния сосновых лесов.